มาในภาคนี้ David Seville (Jason Lee) ที่กำลังนอนบาดเจ็บจากการแสดงคอนเสิร์ตในปารีส เพราะความดื้อรั้นและไม่เชื่อฟังของ Alvin (ให้เสียงโดย Justin Long) เขาจึงส่ง 3 สหาย Chipmunks : Alvin , Simon (ให้เสียงโดย Matthew Gray Gubler) และ Theodore (ให้เสียงโดย Jesse McCartney) เข้าโรงเรียนเพื่อได้เรียนรู้ชีวิตในวัยเด็ก และปรับนิสัยเสียใหม่ โดยมี Toby (Zachary Levi) คอยดูแล แต่เหล่า Chipmunks รู้สึกแปลกๆ ไม่ชอบโรงเรียนเพราะที่นั่นพวกเขาคิดว่าเต็มไปด้วยเด็กที่ชอบหาเรื่อง อันธพาลระรานพวกเขา
